最新超級(jí)計(jì)算機(jī)病毒母體研究

　　編制或者在計(jì)算機(jī)程序中插入的破壞計(jì)算機(jī)功能或者破壞數(shù)據(jù)，影響計(jì)算機(jī)使用并且能夠自我復(fù)制的一組計(jì)算機(jī)指令或者程序代碼被稱為計(jì)算機(jī)病毒(Computer Virus)。具有破壞性，復(fù)制性和傳染性。以下是學(xué)習(xí)啦網(wǎng)小編為大家整理的關(guān)于超級(jí)計(jì)算機(jī)病毒母體研究的相關(guān)知識(shí)，希望對(duì)大家有所幫助!

　　HIV病毒研究是各國(guó)科學(xué)家都非常關(guān)注的一個(gè)重大課題，對(duì)它的分析研究往往需要進(jìn)行大量高密度的計(jì)算。計(jì)算機(jī)的性能和可靠性對(duì)研究進(jìn)展起到了非常關(guān)鍵的作用。近日，云南大學(xué)的科研人員在新引進(jìn)的曙光4000A超級(jí)計(jì)算機(jī)上進(jìn)行了HIV 病毒gp120 糖蛋白分子動(dòng)力學(xué)模擬實(shí)驗(yàn)，運(yùn)算時(shí)間從以往通過單機(jī)需要一星期縮短到了13個(gè)小時(shí)。

　　位于中國(guó)西陲的云南大學(xué)已經(jīng)擁有了80余年的歷史，是國(guó)家“211工程”重點(diǎn)建設(shè)的高校之一。隨著教學(xué)科研工作的不斷深入，各學(xué)科對(duì)大型、密集、高性能計(jì)算的需求與日俱增，材料科學(xué)、信息科學(xué)、數(shù)理化、生命科學(xué)、地理和大氣科學(xué)的科研人員都急需一個(gè)能提供高性能計(jì)算服務(wù)的平臺(tái)，而分散在各學(xué)院和實(shí)驗(yàn)室的現(xiàn)有計(jì)算資源都無法滿足如此大規(guī)模的計(jì)算需求。

　　為了解決這一矛盾，云南大學(xué)從 211建設(shè)經(jīng)費(fèi)中劃撥出了?？?，要建一個(gè)高水平的高性能計(jì)算中心!這一中心不僅要能實(shí)現(xiàn)高速網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下多種計(jì)算資源的有效聚合與充分共享，為各學(xué)科提供高性能計(jì)算服務(wù)，而且要為云南省重要領(lǐng)域的大型計(jì)算軟件開發(fā)提供支撐，并逐步形成多學(xué)科交叉和創(chuàng)新研究的平臺(tái)。

　　上海超算采用中國(guó)最快超級(jí)計(jì)算機(jī)10萬億曙光4000A成功部署國(guó)家網(wǎng)格和上海信息服務(wù)平臺(tái)的做法在國(guó)內(nèi)外引起了廣泛的關(guān)注，也同樣成為云南大學(xué)的參考樣板。云南大學(xué)的領(lǐng)導(dǎo)在對(duì)上海超算和曙光公司進(jìn)行實(shí)地考察，并在曙光技術(shù)支持部的高性能計(jì)算測(cè)試實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行軟件測(cè)試后，一個(gè)采用曙光4000A搭建高性能計(jì)算中心的藍(lán)圖開始萌生。

　　9月，云南大學(xué)高性能計(jì)算中心正式成立，新引進(jìn)的曙光4000A也開始投入運(yùn)行。這套基于機(jī)群架構(gòu)的超級(jí)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)采用了96顆AMD皓龍?zhí)幚砥鳎鋫淞?92GB海量?jī)?nèi)存和2044GB外部存儲(chǔ)，峰值計(jì)算速度達(dá)到了每秒 3840 億次，在11月公布的2005年中國(guó)高性能計(jì)算機(jī)性能TOP 100排行榜中，排第89位。中心通過采用國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)超級(jí)計(jì)算機(jī)性能測(cè)試標(biāo)準(zhǔn) HPL 程序?qū)κ锕?000A進(jìn)行了 Linpack 測(cè)試，系統(tǒng) Linpack 運(yùn)算與峰值比為 75.83% ，比上海超算曙光4000A 還要高出近4個(gè)百分點(diǎn)。

　　據(jù)云大高性能計(jì)算中心技術(shù)負(fù)責(zé)人介紹說，引進(jìn)的曙光4000A是個(gè)中等規(guī)模的機(jī)群系統(tǒng)，由高速計(jì)算網(wǎng)、存儲(chǔ)接入網(wǎng)和管理監(jiān)控網(wǎng)等3套網(wǎng)絡(luò)組成，其中24個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)全部采用2U高密度的機(jī)架式四路服務(wù)器天闊R4280A。由于該服務(wù)器采用了AMD皓龍64位處理器，具有直連架構(gòu)、HT超傳輸技術(shù)、集成內(nèi)存控制器等特點(diǎn)，加上曙光自主研發(fā)設(shè)計(jì)的四路主板，節(jié)點(diǎn)機(jī)和機(jī)群系統(tǒng)的性能和穩(wěn)定性都得到了很好的保障。該款產(chǎn)品僅在上海超算就部署了500多個(gè)節(jié)點(diǎn)，平均無故障運(yùn)行時(shí)間達(dá)到了25萬小時(shí)的驚人品質(zhì)。

　　在試運(yùn)行階段，高性能計(jì)算中心聯(lián)合校內(nèi)的多家相關(guān)研究單位，針對(duì)一些成熟的高性能計(jì)算應(yīng)用課題做了初期聯(lián)合測(cè)試，測(cè)試結(jié)果達(dá)到預(yù)期性能指標(biāo)。生命科學(xué)院生物資源保護(hù)與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室使用 Gromacs 分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件從事 HIV 病毒 gp120 糖蛋白分子動(dòng)力學(xué)模擬實(shí)驗(yàn)，在運(yùn)行 24 個(gè)節(jié)點(diǎn)、每節(jié)點(diǎn) 1CPU的 條件下，1ns 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模擬僅需13小時(shí)，而以往在單機(jī)上要運(yùn)行整整一個(gè)星期。資源環(huán)境與地球科學(xué)學(xué)院大氣數(shù)值模擬實(shí)驗(yàn)室則進(jìn)行了黑炭氣溶膠輻射氣候效應(yīng)的數(shù)值試驗(yàn)，即通過使用區(qū)域氣候模式 Regcm3 模式對(duì) 2001-2002 年 BC 氣候效應(yīng)進(jìn)行數(shù)值模擬，以往在普通 PC 單機(jī)上運(yùn)行需要 96 小時(shí)，目前使用該系統(tǒng)單節(jié)點(diǎn)僅需 48 小時(shí)，縮短了一半。

　　目前，高性能計(jì)算中心在前期調(diào)研的基礎(chǔ)上，部署了許多應(yīng)用軟件，涉及大規(guī)模非線形復(fù)雜系統(tǒng)的計(jì)算和模擬、有限元計(jì)算、流體動(dòng)力學(xué)計(jì)算模擬、分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算及力場(chǎng)模擬、計(jì)算化學(xué)與藥物篩選等領(lǐng)域，校內(nèi)用戶已可通過網(wǎng)絡(luò)遠(yuǎn)程登陸并提交相關(guān)計(jì)算作業(yè)。

　　云大高性能計(jì)算中心副主任李漢斌表示：“我們也曾嘗試過自己搭建集成系統(tǒng)，但十分不穩(wěn)定而且速度慢，這次采用曙光4000A機(jī)群服務(wù)器，穩(wěn)定性非常好，到目前還沒有出現(xiàn)過宕機(jī)現(xiàn)象，并且速度也明顯提高了好多倍。曙光4000A機(jī)群系統(tǒng)的引入有效地解決了云大在材料科學(xué)、生命科學(xué)、大氣科學(xué)等學(xué)科基礎(chǔ)研究上的高性能計(jì)算應(yīng)用需求，同時(shí)也為云南各行各業(yè)科學(xué)研究和經(jīng)濟(jì)建設(shè)提供了良好的服務(wù)。”

　　為了更好地推動(dòng)高性能計(jì)算在云南省科學(xué)研究與經(jīng)濟(jì)建設(shè)中的應(yīng)用，進(jìn)一步提高云南省科技創(chuàng)新能力，為云南省培養(yǎng)高性能計(jì)算研發(fā)和應(yīng)用方面的高層次專門人才，云大高性能計(jì)算中心先后與中科院計(jì)算所、上海超算、曙光、 AMD、中科院昆明植物所以及上海藥物所等多家單位建立了全面的合作關(guān)系，相繼成立上海超算云南大學(xué)分中心、云南大學(xué)-中科院計(jì)算所高性能計(jì)算聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、云南大學(xué)-曙光公司高性能計(jì)算技術(shù)支持中心、AMD64高性能計(jì)算教學(xué)科研實(shí)驗(yàn)室等多個(gè)研發(fā)平臺(tái)，為推動(dòng)云大深入開展高性能計(jì)算的教學(xué)、科研和應(yīng)用奠定了良好的基礎(chǔ)。

　　曙光公司銷售總監(jiān)王成江表示，隨著機(jī)群技術(shù)的日漸成熟，機(jī)群服務(wù)器已經(jīng)教育城域網(wǎng)、高校信息化和教育科研網(wǎng)格建設(shè)中得到廣泛青睞。在西部四十多所高校校園網(wǎng)，北京、煙臺(tái)、上海、南陽等地城域網(wǎng)以及中山大學(xué)、北京郵電大學(xué)等重點(diǎn)高校的教育科研網(wǎng)格項(xiàng)目中，曙光機(jī)群服務(wù)器中的TC1700、曙光3000以及最新一代的曙光4000系列機(jī)群服務(wù)器實(shí)現(xiàn)了廣泛部署。云南大學(xué)高性能計(jì)算中心的建立和曙光4000A的成功運(yùn)行，對(duì)西南地區(qū)高性能計(jì)算應(yīng)用將起到非常好的示范和輻射效應(yīng)，帶動(dòng)其他行業(yè)通過高性能計(jì)算來提升業(yè)務(wù)效率和科技競(jìng)爭(zhēng)力。